旅行を挟んだこの1ヶ月ほど、悩まされ続けたmacのシステム問題を2日かかってやっと完全解決できた！
嬉しい（のとたぶん誰かの役に立つ、検索しても解決法見つからなかったから）ゆえ、備忘録をここに記しておきます。
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1ヶ月ほど前にアプリやプリンタの買い換えに迫られ、使っていたOS10.6/snowlepardが現行機器に対応していないことから、OS10.11/elcapitanまで一気にアップグレードしました。その後、色々なアプリを新しくインストールしたりメモリを増設したりした後から、気づいたらどうも調子が悪い。
◆症状としては
・a: 起動が遅くなった。
・b: ログインしデスクトップが表示された後も、フォルダを開けても中身がしばらく表示されなかったりする。
（待つとぽつぽつ出てくる。最初は焦った）
・c: たいしてアプリを立ち上げていないのに、すぐにPCが熱くなりファンがずっと回り続ける。
アクティビティモニタで状況を見てみると、CPUがずっと1/4ほど占拠されていて、launchdがずっと80%前後、その他も20%前後のlaunchdを親とするものが動いている。起動直後から何もしてないのに、これらがCPUを占拠し続けて、この暑い最中、余計熱くてたまらない。
・d: なぜか起動直後から自動的にSafariが立ち上がる。
もちろん起動項目には入れていない。一度終了してもゾンビのように勝手にまた立ち上がったりする。
（デフォルトブラウザはfirefoxにしているのに）気持ち悪い。
・e: MachintoshHD直下に、file、というexeファイルが自動生成されている。
捨てても捨ててもゾンビのように自動生成される。今までそんなのなかったのに。気持ち悪い。
そんなところ。
launchdを検索して同様の症状がある人を探したら、キーチェーンアクセスの認証が問題とかで、書かれている通りにやってみたけど熱暴走問題は解決せず。
ゾンビsafari問題も、類似症状が検索出てこないので、appleのサポートディスカッションで質問しても結局有効な答えが見つからなかったり。
色々インストールしたり、解決しようとフリーのユーティリティアプリを入れたりしたりの過程で変なウィルスに感染したのか？（勝手にブラウザを立ち上げて何かデータを外部とやりとりしているのか？とか）勘ぐったりしていました。
どうにも熱いので、結果、timemachineにバックアップを取った上で、HDDを消去し、elcapitanをクリーンインストールし直しました。
◆対応
1. クリーンインストールし、起動後、アプリケーション/ユーティリティ/移行アシスタント、から全てのデータを移行。
→ひっとつも問題解決せず。また一からやり直し。
2. クリーンインストールし、起動後、アプリケーション「以外の」全てのデータを移行。
→bのファインダ問題とdのゾンビsafari問題はなくなった。が、それ以外の問題は解決せず。相変わらず熱暴走で暑い。
3. クリーンインストールし、起動後、ユーザーデータ「だけ」移行。（それ以外は全てチェックを外す）
→起動が遅い（elcapitanがそもそも重いのか？）以外は、全て起きない。launchdも暴走せず、safariも起動せず、fileも生成されず、ファインダもさくさく動く。
あぁこれから設定全て戻すの大変だなぁと思いながら、アプリをインストールし始めたら、例えばthunderbirdをDLしインストールして立ち上げるだけで全て元通りになっている！（ホームにある不可視ライブラリフォルダにおそらく設定が全て保存されているから？）すばらしい。
例えばvectorworksをインストールし直したら、シリアルさえ入れ直すことなく起動できた。もちろん作業画面とか様々な設定もそのまま。
ATOKもインストールし直すだけで、今までのユーザー辞書がそのまま反映された。天才的。
アプリによっては、timemachineの中のバックアップから直接コピペしてくるだけで起動できたものもあったが、上記のようなライブラリが存在していそうなアプリ？はどれもインストーラーからちゃんとインストールしないと、うまく起動しなかった。
3回もクリーンインストールし直したのは骨だったけれど（OSのDLに3時間ほど、データ移行に3時間ほどかかる。打合に出る時とか夜中になるべく回していたけれど、それでもやっぱり時間がかかった）、結果とてもサクサク動き、ついでにHDDもかなりシェイプアップされた（たぶん100GB以上減った）ので、やってよかったです。上記3のやり方でのクリーンインストールは、おそらく様々な不具合をリセット出来そうな優れもの。具合悪い方は是非（けどバックアップだけは忘れずに）。
以上、専門家からすれば常識かもしれないけれど、レポートでした。